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公司在上海崇明、金山及湖北武漢均建有育種基地，核心種豬群規(guī)模達(dá) 6000 頭。2011年和2013年分別從加拿大托佩克國際有限公司、法國 NUCLEUS S.A.S 引進(jìn)優(yōu)質(zhì)大白、長白原種豬群，在上海崇明島建立了新農(nóng)首個(gè)原種豬場(chǎng)。2018年引進(jìn) CG 杜洛克原種豬群，建立金山育種基地。2020年在建成投產(chǎn)武漢新洲育種基地，引入丹系大白與長白原種豬，組建丹系種豬核心育種群，豬群規(guī)模達(dá) 2000 頭。2021年引入上海本土品種楓涇豬，并獲得上海市科技興農(nóng)項(xiàng)目立項(xiàng)支持，進(jìn)行楓涇豬保種及優(yōu)質(zhì)豬肉新品種培育等相關(guān)工作。

公司董事長楊瑞生先生十分重視育種工作，自2011年起將育種能力定位公司三大核心能力之一。在育種方面與中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所建立長期產(chǎn)學(xué)研合作，在常規(guī)選育基礎(chǔ)上，增加健仔數(shù)進(jìn)行選育，并持續(xù)獲得每年 0.1 -  0.2 頭健仔數(shù)提升的進(jìn)展。

在疾病凈化、飼料營養(yǎng)等方面先后與華中農(nóng)業(yè)大學(xué)、農(nóng)科院上海獸醫(yī)研究所、上海市農(nóng)科院等院校建立長期合作，先后獲得動(dòng)物疫病凈化創(chuàng)建場(chǎng)、“無疫小區(qū)”等稱號(hào)。

在育種技術(shù)方面，除了采用傳統(tǒng)的常規(guī)育種技術(shù)，2017年加入國家全基因組選擇技術(shù)單位，2018年開始對(duì)大白、長白和杜洛克全面采用基因組選育技術(shù)，建立了全性狀基因組選擇參考群 3856 頭，并且自主開發(fā)了基因 SSGBLUP 的基因組指數(shù)自動(dòng)計(jì)算平臺(tái)，根據(jù)芯片結(jié)果定期更新基因組指數(shù)。

 在育種硬件與軟件方面，公司配備了先進(jìn)的種豬測(cè)定設(shè)備，擁有背膘測(cè)定儀器，奧斯本籠秤、全自動(dòng)測(cè)定設(shè)備等，并先后采用了 Herdsman 育種軟件、KFNets 育種軟件結(jié)合公司自主研發(fā)的新農(nóng)+數(shù)據(jù)管理平臺(tái)、基因組指數(shù)自動(dòng)計(jì)算平臺(tái)等，為育種工作順利進(jìn)行提供保障。